TV STOPs organisationsstruktur var flad, hvor fællesmødet var den højeste besluttende myndighed – udover det årlige stormøde i foreningen. For at få mulighed for at tage nogle større visionære diskussioner, som der ofte ikke var tid til på fællesmøderne, blev der to gange årligt afholdt weekendseminarer.
TV STOP var baseret på frivillig arbejdskraft, og der var således ingen lønnede ansatte på stationen. Mange var beskæftiget på TV STOP som del af aktiveringen som arbejdsløs, mens andre har været på stationen som del af den fri ungdomsuddannelse, som militærnægtere eller som frivillige ved siden af andet arbejde eller uddannelse.
TV STOPs organisering betød, at dagligdagen på stationen langt hen ad vejen mindede om en arbejdsplads, forstået på den måde, at for de fleste af os var arbejdet på stationen vores daglige beskæftigelse. Således var vi, til trods for, at der ingen løn var, ansat på stationen, og personalegruppen tog sig af ansættelses- og arbejdsforhold som på enhver anden arbejdsplads. Dette
indebar også en vis organisering af vores daglige gøremål, som fx. opdelingen i selvstyrende grupper med forskellige opgaver – blandt andre i fotogruppen, lydgruppen eller redigeringsgruppen.
Økonomisk klarede TV STOP sig på fondsstøtte, offentligt tilskud til aktivering af arbejdsløse og salg af billeder. Efter et nyt medieforlig i 1997 opnåede ikke-kommercielle lokalradio- og tv-stationer offentlig støtte, hvilket
for første gang sikrede dele af TV STOPs indtægter.